En 1736, il est nommé "Kappelmeister" et compositeur auprès de l'Électeur de Saxe, Frederick Augustus II à Dresde.

Contrairement à Leipzig, Dresde possède une vie musicale intense avec beaucoup de musiciens (Johann Georg Pisendel, Pierre Gabriel Buffardin, Jan Dismas Zelenka, Johann Adolf Hasse, etc.). Durant cette période, il produit entre autres, la Messe en si mineur, les Variations Goldberg, les Variations canoniques, le Clavier bien tempéré II, et l'Art de la fugue (incomplet au moment de sa mort).